Как изменить генерального директора ООО, если есть разногласия между учредителями?

Нет, нельзя. А что вам это даст? Даже если предположить, что это возможно, ни что не мешает учредителю с большей долей в уставном капитале опять избрать этого генерального директора повторно после решения суда!

Юрий, в соответствии с п.1 ст. 40 ФЗ "Об обществах с ограниченной ответсвенностью"Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества.

Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также не из числа его участников.Решения по вопросам, указанным в подпункте 2 пункта 2 статьи 33 настоящего Федерального закона, а также по иным вопросам, определенным уставом общества, принимаются большинством не менее двух третей голосов от общего числа голосов участников общества, если необходимость большего числа голосов для принятия такого решения не предусмотрена настоящим Федеральным законом или уставом общества.

Т.е. для снятие с должности генерального директора необходимо не менее двух третей голосов от общего числа голосов участников общества, не зависисмо от доли в уставном капитале. размер доли в уставном капитале влияет только на распределение прибыли.