В какой суд подать надзорную жалобу, если осужденный находится в колонии, а касационная жалоба была рассмотрена в Мособлсуде?

В суд, вышестоящий по отношению к последнему рассмотревшему дело. В Вашем случае президиум Мособлсуда.

Обратите внимание на следующее:

УПК РФ Статья 412.1. Пересмотр судебных решений в порядке надзора

1. Вступившие в законную силу судебные решения, указанные в части второй настоящей статьи, могут быть пересмотрены в порядке надзора Президиумом Верховного Суда Российской Федерации по жалобам и представлениям лиц, указанных в частях первой и второй статьи 401.2 настоящего Кодекса.

2. Суд надзорной инстанции проверяет по надзорным жалобе, представлению законность приговора, определения или постановления суда.

3. В Президиум Верховного Суда Российской Федерации обжалуются вступившие в законную силу:

1) судебные решения верховных судов республик, краевых или областных судов, судов городов федерального значения, суда автономной области, судов автономных округов, вынесенные этими судами при рассмотрении уголовного дела в первой инстанции, если указанные решения были предметом апелляционного рассмотрения в Верховном Суде Российской Федерации;

2) судебные решения окружных (флотских) военных судов, вынесенные этими судами при рассмотрении уголовного дела в первой инстанции, если указанные решения были предметом апелляционного рассмотрения в Верховном Суде Российской Федерации;

3) определения Судебной коллегии по уголовным делам Верховного Суда Российской Федерации и определения Военной коллегии Верховного Суда Российской Федерации, вынесенные ими в апелляционном порядке;

4) определения Судебной коллегии по уголовным делам Верховного Суда Российской Федерации и определения Военной коллегии Верховного Суда Российской Федерации, вынесенные ими в кассационном порядке;

5) постановления Президиума Верховного Суда Российской Федерации.

Полагаю, что если кассация была в Мособлсуде, то УПК дальнейшего обжалования не предусматривает. Если только кассация не была в 2012 году, до вступления в законную силу поправок в УПК.

Остается только ЕСПЧ.