Указание муниципалитета как ответчика при фактическом принятии наследства

Да, муниципалитет является ответчиком.

В соответствии с пунктом 2 статьи 1151 Гражданского кодекса Российской Федерации (в ред. Федерального закона от 23 июля 2013 г. N 223-ФЗ) в порядке наследования по закону в собственность городского или сельского поселения, муниципального района (в части межселенных территорий) либо городского округа переходит следующее выморочное имущество, находящееся на соответствующей территории: жилое помещение; земельный участок, а также расположенные на нем здания, сооружения, иные объекты недвижимого имущества; доля в праве общей долевой собственности на указанные в абзацах втором и третьем настоящего пункта объекты недвижимого имущества.

Соответствующее Территориальное управление Росимущества

согласно пунктам 2, 3 статьи 1151 Гражданского кодекса Российской Федерации иное выморочное имущество переходит в порядке наследования по закону в собственность Российской Федерации, полномочия собственника в сфере управления имуществом Российской Федерации возложены на Федеральное агентство по управлению государственным имуществом и его территориальные органы,

Сергей, должны указывать в исковом заявлении муниципалитет в качестве ответчика

Муниципалитет указывать не нужно, если наследство не связано с имуществом, находящимся в муниципальной собственности.В вашем случае ответчиком выступают только другие наследники, если они есть, либо дело рассматривается без ответчика, когда наследники отсутствуют.