Наследственное дело - проблемы из-за разнородного места жительства и прописки

Да, Вам придется ехать по месту нахождения его наследственного имущества и там оформлять его.

Вот, что говорит об этом закон.

ГК РФ,

Статья 1115. Место открытия наследства

Местом открытия наследства является последнее место жительства наследодателя (статья 20).

Если последнее место жительства наследодателя, обладавшего имуществом на территории Российской Федерации, неизвестно или находится за ее пределами, местом открытия наследства в Российской Федерации признается место нахождения такого наследственного имущества. Если такое наследственное имущество находится в разных местах, местом открытия наследства является место нахождения входящих в его состав недвижимого имущества или наиболее ценной части недвижимого имущества, а при отсутствии недвижимого имущества - место нахождения движимого имущества или его наиболее ценной части. Ценность имущества определяется исходя из его рыночной стоимости.

Место жительства - жилой дом, квартира, служебное жилое помещение, специализированные дома (общежитие, гостиница-приют, дом маневренного фонда, специальный дом для одиноких престарелых, дом-интернат для инвалидов, ветеранов и другие), а также иное жилое помещение, в котором гражданин постоянно или преимущественно проживает в качестве собственника, по договору найма (поднайма), договору аренды либо на иных основаниях, предусмотренных законодательством Российской Федерации.

ст. 2, Закон РФ от 25.06.1993 N 5242-1 (ред. от 30.12.2012) "О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации" {КонсультантПлюс}

Статья 20. Место жительства гражданина

1. Местом жительства признается место, где гражданин постоянно или преимущественно проживает. Гражданин, сообщивший кредиторам, а также другим лицам сведения об ином месте своего жительства, несет риск вызванных этим последствий.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2012 N 302-ФЗ)

ст. 20, "Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 02.07.2013) {КонсультантПлюс}