В магазине украдено на 5000 чуть больше чуть меньше тысяч (вещи), мальчику 17 лет, какое наказание?

Если не судим помириться можно в суде. Главное - ущерб возместить, и с администрацией договориться. Если не получится - скорее штраф.

ч.1 ст. 158. Кража

Кража, то есть тайное хищение чужого имущества, -

наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до четырех месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

в случае возбуждения уголовного дела - возможно прекращение или штраф

Лучше всего договорится и прекратить уголовное дело за примирением сторон, возместив магазину ущерб. Но если молодой человек ранее не судим, то реальный срок вряд ли будет.

По примирению сторон оправдать не могут, а могут прекратить дело за примирением сторон. Это действительно нереабилитирующуее основание. Это значит, что Вы виновны, вину не отрицаете, но с согласия потерпевшего и при возмещении ущерба Вас освободили от наказания. По полицейской базе неизменно будут выскакивать такие сведения в отношении Вас. Влияет ли это на кредиты никто сказать не может, во всех банках разные требования и служба безопасности. Равно как и при трудоустройстве. Несомненно это пятно в личной характеристике. Но из двух зол нужно выбирать меньшее: лучше прекратить дело, чем быть осужденным, пускай даже и к штрафу.