Проблемы в организации складского хозяйства и инвентаризации - как решить спор о недостаче готовой продукции

Я устроилась на должность начальника управления логистики. В моем подчинении несколько подразделений. Одно из них складское хозяйство. На момент моего вступления в должность, начальника склада не было (не закрыта штатная единица). Договор о коллективной матответственности был недействителен, т.к. более 50% уже не работали на предприятии. Руководство внесло мою должность в приказ о перечне лиц имеющих матответсвенность, с приказом меня не ознакомили. До принятия основного работника на должность начальника склада я подписала договор с комментарием Принято без пересчета, по бухгалтерскому остатку. К складам имеют доступ не только сотрудники складского хозяйства, но и работники производства, которые не состоят в договоре коллективной матответственности. После принятия на должность нача. Складского хозяйства, необходимо было сделать передачу ТМЦ. Передача была сделана по складу сырья, по складу готовой продукции передачи не было (невозможно было передать все склады, территориально разбросанные по территории завода на первое число месяца). На следующий месяц была проведена годовая инвентаризация по всему предприятию. Так как я была членом центральной комиссии (как руководитель), личного участия в инвентаризации не принимала. По результатам инвентаризации были выявлены излишки и недостача. Результаты подписаны членами рабочей инвентаризационной комиссии, где присутствовал МОЛ (этот член бригады фактически работает на другом складе готовой продукции, в другом здании и с другим ассортиментом и системой учета). На 1 декабря состоялась передача склада от меня начальнику склада. По результатам выявлены отклонения. Отклонения явно указывают на то, что в годовую инвентаризацию не корректно были сняты остатки. Например, в годовую инвентаризацию оприходованы излишки в количестве 12,1 тн готовой продукции, а при передачи мы обнаружили недостачу в 12 тн. Главный бухгалтер не принимает такую объяснительную, утверждая, что мы не можем оспаривать результаты годовой инвентаризации. Подскажите, как нам дальше поступать, возможно ли взыскание через суд.