Как сохранить служебное жилье при временном проживании и разводе военного?

Вы ничего не сможете "объяснить" командиру. Вы просто должны фактически проживать в указанной квартире на момент выхода вашего мужа на пенсию и независимо от расторжения брака.

ВЫ ДОЛЖНЫ ПРОЖИВАТЬ В КВАРТИРЕ.

Жилищный кодекс РФ.Статья 103. Выселение граждан из специализированных жилых помещений

2. Не могут быть выселены из служебных жилых помещений и жилых помещений в общежитиях без предоставления других жилых помещений не являющиеся нанимателями жилых помещений по договорам социального найма или членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственниками жилых помещений или членами семьи собственника жилого помещения и состоящие на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях:

1) члены семьи военнослужащих, должностных лиц, сотрудников органов внутренних дел, органов федеральной службы безопасности, таможенных органов Российской Федерации, органов государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, погибших (умерших) или пропавших без вести при исполнении обязанностей военной службы или служебных обязанностей;

2) пенсионеры по старости;

3. Гражданам, указанным в части 2 настоящей статьи, предоставляются другие жилые помещения, которые должны находиться в черте соответствующего населенного пункта.