Как рассчитывается налог при дарении жилого дома с земельным участком и нужно ли указывать это в договоре?

Не должно.

НК РФ.

"

Статья 390. Налоговая база

1. Налоговая база определяется как кадастровая стоимость земельных участков, признаваемых объектом налогообложения в соответствии со статьей 389 настоящего Кодекса.

2. Кадастровая стоимость земельного участка определяется в соответствии с земельным законодательством Российской Федерации".

Закон РФ от 9 декабря 1991 г. N 2003-I

"О налогах на имущество физических лиц"

"Статья 3. Ставки налога

1. Ставки налога устанавливаются нормативными правовыми актами представительных органов местного самоуправления (законами городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга) в зависимости от суммарной инвентаризационной стоимости объектов налогообложения, умноженной на коэффициент-дефлятор, определяемый в соответствии с частью первой Налогового кодекса Российской Федерации (далее - коэффициент-дефлятор). Представительные органы местного самоуправления (законодательные (представительные) органы государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга) могут определять дифференциацию ставок в установленных пределах

в зависимости от суммарной инвентаризационной стоимости,

умноженной на коэффициент-дефлятор, и типа использования объекта налогообложения, а также в зависимости от места нахождения объекта налогообложения применительно к муниципальным образованиям, включенным в состав внутригородской территории города федерального значения Москвы в результате изменения его границ, в случае, если в соответствии с законом города федерального значения Москвы налог на имущество физических лиц отнесен к источникам доходов бюджетов указанных муниципальных образований".