Можно ли погасить часть займа взятого на предприятии материнским капиталом. Ребенку еще не исполнилось 3 года.

Получается, что Вы взяли целевой заем на приобретение жилья у организации.

Формально Вам отказать в выделении денег на погашение целевого займа не могут:

В соответствии с п.2 Постановления Правительства РФ от 12.12.2007 N 862 (ред. от 24.12.2011) "О Правилах направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий", Лицо, получившее государственный сертификат на материнский капитал (далее - сертификат), вправе использовать средства материнского капитала:

на приобретение или строительство жилого помещения,осуществляемые гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах), путем безналичного перечисления указанных средств организации, осуществляющей отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе кредитной,предоставившей по кредитному договору (договору займа) денежные средства на указанные цели.

суммы материнского капитала могут идти только на приобретение жилья, накопительную пенсию матери либо на обучение детей.

Согласно ч.6.1. ст.7 ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" заявление о распоряжении может быть подано в любое время со дня рождения (усыновления) второго, третьего ребенка или последующих детей в случае необходимости использования средств (части средств) материнского (семейного) капитала на погашение основного долга и уплаты процентов по кредитам или займам на приобретение (строительство) жилого помещения, включая ипотечные кредиты, предоставленным гражданам по кредитному договору (договору займа), заключенному с организацией, в том числе кредитной организацией.

В этом случае у вас должен быть заключен договор целевого зама. То есть договор, в котором оговорено, что средства данного займа пойдут на приобретение жилья.