Мне его не оплатили объяснив тем, что я не проработала в организации 90 дней.

Вопрос не в прерывании. Вопрос в продолжительности работы в последние 12 месяцев перед страховым случаем. Должна учитываться вся работа, в том числе и у нескольких работодателей. Должны оплатить.

Федеральный закон от 22 декабря 2005 г. N 180-ФЗ

"Об отдельных вопросах исчисления и выплаты пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам и размерах страхового обеспечения по обязательному социальному страхованию от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваниях в 2006 году"

"Статья 3. Максимальный размер пособия по временной нетрудоспособности и максимальный размер пособия по беременности и родам

1. Максимальный размер пособия по временной нетрудоспособности (за исключением пособия по временной нетрудоспособности в связи с несчастным случаем на производстве или профессиональным заболеванием), максимальный размер пособия по беременности и родам женщинам, подлежащим обязательному социальному страхованию, установленного Федеральным законом от 19 мая 1995 года N 81-ФЗ "О государственных пособиях гражданам, имеющим детей", за полный календарный месяц не может превышать 15 000 рублей.

2. В районах и местностях, в которых в установленном порядке применяются районные коэффициенты к заработной плате, максимальный размер пособия по временной нетрудоспособности и максимальный размер пособия по беременности и родам определяются с учетом этих коэффициентов.

3. Застрахованному лицу, которое в течение последних 12 календарных месяцев перед наступлением временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам проработало фактически менее трех месяцев, пособие по временной нетрудоспособности (за исключением пособия по временной нетрудоспособности в связи с несчастным случаем на производстве или профессиональным заболеванием) и пособие по беременности и родам выплачиваются в размере, не превышающем за полный календарный месяц минимального размера оплаты труда, установленного федеральным законом, а в районах и местностях, в которых в установленном порядке применяются районные коэффициенты к заработной плате, - минимального размера оплаты труда с учетом этих коэффициентов. В случае, если застрахованное лицо в течение последних 12 календарных месяцев перед наступлением временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам работало у нескольких работодателей, при определении периода фактической работы учитывается также период (периоды) его работы у предыдущего (предыдущих) работодателя (работодателей)".