Как можно в ИФНС добиться получения дубликата решения об отказе?

Может быть они отказ Вам послали по юридическому адресу? А Вы его там не получали?

Вообще отказ должен быть. Потребуйте в судебном порядке. При отказе в регистрации изменений госпошлина не возвращается.

А размер госпошлины сейчас за регистрацию изменений не 2000 рублей, а 400 рублей

Статья 333.33. Налогового кодекса Размеры государственной пошлины за государственную регистрацию, а также за совершение прочих юридически значимых действий

1. Государственная пошлина уплачивается в следующих размерах:

1) за государственную регистрацию юридического лица, за исключением государственной регистрации ликвидации юридических лиц и (или) государственной регистрации политических партий и региональных отделений политических партий, - 2 000 рублей;

2) за государственную регистрацию политической партии, а также каждого регионального отделения политической партии - 1 000 рублей;

3) за государственную регистрацию изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, а также за государственную регистрацию ликвидации юридического лица, за исключением случаев, когда ликвидация юридического лица производится в порядке применения процедуры банкротства, - 20 процентов размера государственной пошлины, установленного подпунктом 1 настоящего пункта;

4) за аккредитацию филиалов иностранных организаций, создаваемых на терр