А если стоимость квартиры менее 2 000 000 руб, нужно ли платить этот налог?

Этот налог называется "Налог на доходы физических лиц".

ст. 220 Налогового кодекса предоставляет налоговые вычеты с доходов, полученных от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.

Налог уплачивается продавцом с суммы, превышающей 1 000 000 рублей.

В вашем случае Вам не выгодно занижать стоимость квартиры, т.к. ее оплачивает банк.

Со своей стороны продавцу не выгодно показывать стоимость более 1000000 рублей, т.к. он заплатит налог.

Чтобы выйти из этой ситуации нужно согласовать с банком следующий вариант.

Вы делаете оценку действительной рыночной стоимости квартиры, в договоре купли-продажи указываете стоимость 1 000 000, а в ипотечном договоре указываете рыночную стоимость, при этом оговаривается, что сумма свыше 1 000 000 рублей идет на благоустройство (ремонт) квартиры.

Некоторые банки соглашаются.