Налоговая требует более 20% от стоимости продажи квартиры, находившейся в собственности более трех лет - законно ли это?

Требование - не законно.

Для сведения:

Если Вы продали квартиру (дом) долю в квартире и которые находились в Вашей собственности менее 3-х лет, то нужно будет оплатить налог по ставке 13% от цены сделки. (ст.220 НК РФ). Декларацию по НДФЛ нужно подавать в ИФНС по месту жительства не позднее 30 апреля года, следующего за годом получения данного дохода (п. 3 ст. 228 НК РФ). Сумму налога, которую вы указали в налоговой декларации, необходимо будет уплатить не позднее 15 июля года, следующего за годом получения Вами дохода (п. 4 ст. 228 НК РФ).

Требование ИФНС незаконно.

В соответствии с п. 17.1 ст.217 НК не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Положения указанного пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи ценных бумаг, а также на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.