В каком размере индивидуальный предприниматель должен оплачивать пособия по беременности и по уходу за ребёнком работнику?

Как и любой иной работодатель - в полном. Т.е. в размере, установленном законодательством в отношении конкретного работника, исходя из его стажа и наличия/отсутствия других детей.

Федеральный закон от 29 декабря 2006 г. N 255-ФЗ

"Об обеспечении пособиями по временной нетрудоспособности, по беременности и родам граждан, подлежащих обязательному социальному страхованию"

"Статья 11. Размер пособия по беременности и родам

1. Пособие по беременности и родам выплачивается застрахованной женщине в размере 100 процентов среднего заработка.

2. Размер пособия по беременности и родам не может превышать максимальный размер пособия по беременности и родам, установленный федеральным законом о бюджете Фонда социального страхования Российской Федерации на очередной финансовый год. В случае, если застрахованное лицо работает у нескольких работодателей, размер пособия по беременности и родам не может превышать указанный максимальный размер указанного пособия по каждому месту работы.

3. Застрахованной женщине, имеющей страховой стаж менее шести месяцев, пособие по беременности и родам выплачивается в размере, не превышающем за полный календарный месяц минимального размера оплаты труда, установленного федеральным законом, а в районах и местностях, в которых в установленном порядке применяются районные коэффициенты к заработной плате, в размере, не превышающем минимального размера оплаты труда с учетом этих коэффициентов".

Федеральный закон от 19 мая 1995 г. N 81-ФЗ

"О государственных пособиях гражданам, имеющим детей"

(с изменениями от 24 ноября 1995 г., 18 июня, 24 ноября, 30 декабря 1996 г., 21, 29 июля 1998 г., 17 июля 1999 г., 10 июля, 7 августа 2000 г., 30 мая, 28 декабря 2001 г., 25 июля 2002 г., 22 августа, 29 декабря 2004 г., 22 декабря 2005 г., 5 декабря 2006 г.)

"Статья 15. Размер ежемесячного пособия по уходу за ребенком

Ежемесячное пособие по уходу за ребенком выплачивается в следующих размерах:

1 500 рублей по уходу за первым ребенком и 3 000 рублей по уходу за вторым ребенком и последующими детьми - лицам, указанным в абзацах шестом - восьмом части первой статьи 13 настоящего Федерального закона;

40 процентов среднего заработка (дохода, денежного довольствия) по месту работы (службы) за последние 12 календарных месяцев, предшествовавших месяцу наступления отпуска по уходу за ребенком, - лицам, указанным в абзацах втором - пятом части первой статьи 13 настоящего Федерального закона. При этом минимальный размер пособия составляет 1 500 рублей по уходу за первым ребенком и 3 000 рублей по уходу за вторым ребенком и последующими детьми. Максимальный размер пособия по уходу за ребенком не может превышать за полный календарный месяц 6 000 рублей.

В районах и местностях, в которых в установленном порядке применяются районные коэффициенты к заработной плате, минимальный и максимальный размеры указанного пособия определяются с учетом этих коэффициентов.

В случае ухода за двумя и более детьми до достижения ими возраста полутора лет размер пособия, исчисленный в соответствии с частями первой и второй настоящей статьи, суммируется. При этом суммированный размер пособия, исчисленный исходя из среднего заработка (дохода, денежного довольствия), не может превышать 100 процентов размера указанного заработка (дохода, денежного довольствия), но не может быть менее суммированного минимального размера пособия.

При определении размера ежемесячного пособия по уходу за вторым ребенком и последующими детьми учитываются предыдущие дети, рожденные (усыновленные) матерью данного ребенка.

В случае ухода за ребенком (детьми), рожденным (рожденными) матерью, лишенной родительских прав в отношении предыдущих детей, ежемесячное пособие по уходу за ребенком выплачивается в размерах, установленных настоящей статьей, без учета детей, в отношении которых она была лишена родительских прав".