За какой период будет исчислен средний заработок, с учетом периода ежегодного отпуска и выплаты отпускных или без него?

Не повлияет. Учитывается именно полученный как заработная плата суммы.

И законодатель устанавливает обязанность работодателя выплачивать суммы пособий, не ставя это в зависимость от уплату/неуплаты ЕСН. Поэтому декретные получите.

А средний заработок - за 12 месяцев, просто этот период отпуска и сумма отпускных будут исключены при расчете среднедневного заработка - именно он применяется при определении размеров отпускных.

Федеральный закон от 31 декабря 2002 г. N 190-ФЗ

"Об обеспечении пособиями по обязательному социальному страхованию граждан, работающих в организациях и у индивидуальных предпринимателей, применяющих специальные налоговые режимы, и некоторых других категорий граждан"

"Статья 2. Порядок исчисления и выплаты пособий по обязательному социальному страхованию отдельным категориям застрахованных

Гражданам, работающим по трудовым договорам (далее - работники), заключенным с организациями или индивидуальными предпринимателями, перешедшими на упрощенную систему налогообложения либо являющимися плательщиками единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности или единого сельскохозяйственного налога (далее - работодатели), пособие по временной нетрудоспособности (за исключением пособия по временной нетрудоспособности в связи с несчастным случаем на производстве или профессиональным заболеванием) выплачивается за счет следующих источников:

средств Фонда социального страхования Российской Федерации, поступающих от единого сельскохозяйственного налога, единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, единого налога для организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, - в части суммы пособия, не превышающей за полный календарный месяц одного минимального размера оплаты труда, установленного Федеральным законом;

средств работодателей - в части суммы пособия, превышающей один минимальный размер оплаты труда, установленный федеральным законом.

Исчисление пособия по временной нетрудоспособности, его назначение и выплата работникам, указанным в части первой настоящей статьи, осуществляются в соответствии с общими правилами, установленными нормативными правовыми актами о пособиях по государственному социальному страхованию.

Выплата иных видов пособий по обязательному социальному страхованию работникам, указанным в части первой настоящей статьи, осуществляется за счет средств Фонда социального страхования Российской Федерации в соответствии с федеральными законами".