Требуется юридическая помощь - можно ли заключить договор безвозмездного пользования комнатой с церковью и возникает ли обязательность уплаты налогов

Да, в общем случае, да, т.е. никто не запрещает Вам безвозмездно предоставить Вам площадь, но это налогооблагаемая деятельность.

В соответствии с п.1 ст.146 в целях налогообложения НДС передача права собственности на товары, результатов выполненных работ, оказание услуг на безвозмездной основе признается реализацией товаров (работ, услуг). Налоговая база должна исчисляться, исходя из рыночной цены, с учетом требований ст.40 НК РФ.

Кроме того, Вам следует учесть, что согласно п.3 ст.256 НК РФ из состава амортизируемого имущества исключаются основные средства переданные (полученные) по договорам в безвозмездное пользование.

Пунктом 2 ст.322 НК РФ установлено, что по основным средствам, передаваемым налогоплательщиком в безвозмездное пользование, начиная с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором произошла указанная передача, начисление амортизации не производится.

При окончании договора безвозмездного пользования и возврате основных средств налогоплательщику амортизация начисляется в порядке, определенном НК РФ, начиная с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором произошел возврат основных средств налогоплательщику, окончание реконструкции или расконсервация основного средства.

Расходы на содержание помещения, переданного в безвозмездное пользование также не могут уменьшать налоговую базу по налогу на прибыль.