Отсюда вопрос могут ли мне отказать в прописке, мотивируя это тем, что не позволяет площадь?

Вопросы собственности на недвижимость и вопросы регистрации по месту жительства (регистрации) - никак не связанные вопросы.

Если супруги живут вместе, они должны быть зарегистрированы вместе. икто этому не помешает. Люди должны быть зарегистрированы там, где фактически живут. Основание:

Статья 19.15 Административного кодекса

Проживание гражданина Российской Федерации без

удостоверения личности гражданина (паспорта) или без регистрации

1. Проживание или пребывание гражданина Российской Федерации,

обязанного иметь удостоверение личности гражданина (паспорт), без

удостоверения личности гражданина (паспорта) или по

недействительному удостоверению личности гражданина (паспорту)

либо без регистрации по месту пребывания или по месту жительства

влечет

предупреждение или наложение административного штрафа в размере до

одного минимального размера оплаты труда.

2. Допущение лицом, ответственным за соблюдение правил

регистрационного учета, проживания гражданина Российской Федерации

без удостоверения личности гражданина (паспорта) или по

недействительному удостоверению личности гражданина (паспорту)

либо без регистрации по месту пребывания или по месту жительства,

а равно допущение гражданином проживания в занимаемом им или в

принадлежащем ему на праве собственности жилом помещении лиц без

удостоверения личности гражданина (паспорта) либо без регистрации

по месту пребывания или по месту жительства влечет

предупреждение или наложение административного штрафа в размере от

одного до трех минимальных размеров оплаты труда.

Цехер.

В Москве и Московской области "Правила регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в Москве и Московской области" устанавливают, что не только несовершеннолетние дети, супруги могут быть зарегистрированы по месту жительства (прописаны)другого супруга независимо от установленных норм жилой площади. Т.о. отказать Вам не могут.

По поводу Вашего второго вопроса- Ваше право собственности не зависит от того, зарегистрированы (прописаны) ли Вы (собственник) в принадлежащем Вам жилом помещении или нет.