Как рассчитать неустойку за просрочку передачи товара, если часть заказа была доставлена в срок, а другая часть задерживается?

Да, рассчитывайте исходя из стоимости стола.

п.5 ст.28 ЗоЗПП

случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги), а если цена выполнения работы (оказания услуги) договором о выполнении работ (оказании услуг) не определена — общей цены заказа. Договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).

(в ред. Федерального закона от 17.12.1999 N 212-ФЗ)

Неустойка (пеня) за нарушение сроков начала выполнения работы (оказания услуги), ее этапа взыскивается за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки вплоть до начала выполнения работы (оказания услуги), ее этапа или предъявления потребителем требований, предусмотренных пунктом 1 настоящей статьи.

(в ред. Федерального закона от 17.12.1999 N 212-ФЗ)

Неустойка (пеня) за нарушение сроков окончания выполнения работы (оказания услуги), ее этапа взыскивается за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки вплоть до окончания выполнения работы (оказания услуги), ее этапа или предъявления потребителем требований, предусмотренных пунктом 1 настоящей статьи.

(в ред. Федерального закона от 17.12.1999 N 212-ФЗ)

Сумма взысканной потребителем неустойки (пени) не может превышать цену отдельного вида выполнения работы (оказания услуги) или общую цену заказа, если цена выполнения отдельного вида работы (оказания услуги) не определена договором о выполнении работы (оказании услуги).

Размер неустойки (пени) определяется, исходя из цены выполнения работы (оказания услуги), а если указанная цена не определена, исходя из общей цены заказа, существовавшей в том месте, в котором требование потребителя должно было быть удовлетворено исполнителем в день добровольного удовлетворения такого требования или в день вынесения судебного решения, если требование потребителя добровольно удовлетворено не было.