Как я могу снять с учёта иностранных граждан?

Вы спросили - может или нет. При этом конкретику в своем вопросе Вы не привели. Поэтому я Вам отвечаю,что может. На основании того же ФЗ "О миграционном учет ИГ и ЛБГ в РФ"

Снятие иностранного гражданина с учета по месту пребывания осуществляется в случае:

1) постановки иностранного гражданина на учет по новому месту пребывания - после получения в установленном порядке сведений о постановке данного иностранного гражданина на учет по новому месту пребывания;

2) выезда иностранного гражданина из Российской Федерации - после получения сведений о выезде данного иностранного гражданина из Российской Федерации от органа пограничного контроля в соответствующем пункте пропуска через Государственную границу Российской Федерации;

3) смерти иностранного гражданина в Российской Федерации либо вступления в законную силу решения суда о признании иностранного гражданина, находившегося в Российской Федерации, безвестно отсутствующим или об объявлении его умершим - после получения от органов записи актов гражданского состояния либо от заинтересованного физического или юридического лица документа, подтверждающего смерть данного иностранного гражданина, либо после получения от заинтересованного физического или юридического лица заверенной в установленном порядке копии вступившего в законную силу решения суда о признании данного иностранного гражданина, находившегося в Российской Федерации, безвестно отсутствующим или об объявлении его умершим;

4) установления в порядке, определяемом федеральным органом исполнительной власти в сфере миграции, факта фиктивной постановки на учет по месту пребывания в жилом помещении - после выявления факта фиктивной постановки соответствующего иностранного гражданина на учет по месту пребывания в жилом помещении.