Насколько мне известно они не имели всыскивать упушенную выгоду.

Работодатель взыскал не упущенную выгоду, а причиненный ущерб стомость которого определяется как рыночная, ст. 246 ТК РФ -

Размер ущерба, причиненного работодателю при утрате и порче имущества, определяется по фактическим потерям, исчисляемым исходя из рыночных цен, действующих в данной местности на день причинения ущерба, но не ниже стоимости имущества по данным бухгалтерского учета с учетом степени износа этого имущества.

Федеральным законом может быть установлен особый порядок определения размера подлежащего возмещению ущерба, причиненного работодателю хищением, умышленной порчей, недостачей или утратой отдельных видов имущества и других ценностей, а также в тех случаях, когда фактический размер причиненного ущерба превышает его номинальный размер.

Таким образом действия работодателя в части определения суммы ущерба правильные.

Однако, в остальном работодатель не прав абсолютно, т.к. для взыскания ущерба необходимо главное условие наличие ПРОТИВОПРАВНОГО ВИНОНОГО действия (бездействия) работника в причинении ущерба, ст. 233 ТК РФ -

Материальная ответственность стороны трудового договора наступает за ущерб, причиненный ею другой стороне этого договора в результате ее виновного противоправного поведения (действий или бездействия), если иное не предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами.

Каждая из сторон трудового договора обязана доказать размер причиненного ей ущерба.

в вашем случае есть конкретное лицо (вор), которыое украло телефон (это если Вы обращались в органы милиции и были свидетели похищения).

Второй момент, также исключающий ответственность работника это ст. 239 ТК РФ -

Материальная ответственность работника исключается в случаях возникновения ущерба вследствие непреодолимой силы, нормального хозяйственного риска, крайней необходимости или необходимой обороны либо неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику.

т.е. работодатель не создал условия для хранения товара.

Вышеназнные условия будут иметь значение только в том случае, если факт кражи зафиксирован органами правопорядка.

Если нет, то необходимо знать имеется-ли у работодателя коллективный договор о полной коллективной (бригадной) ответственности с работниками магазины. Если нет, то работодатель не вправе был привлекать ВСЕХ сотрудников магазина к материальной ответственности, а должен был провести расследование и определить конкретное лицо, виновное в возникновении ущерба.

Еще полезно уточнить выполнил-ли работодатель ОБЯЗАТЕЛЬНЫЕ действия для взыскания материального ущерба, ст. 247 ТК РФ -

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.

Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.