Должна ли организация выплатить выходное пособие по увольнению в связи с ликвидацией с банкротством?

Да конечно, т.к. трудовой кодекс не разграничивает оснвоания послужившие ликвидации предприятия, все на общих началах, ст. 178 ТК РФ -

При расторжении трудового договора в связи с ликвидацией организации (пункт 1 части первой статьи 81 настоящего Кодекса) либо сокращением численности или штата работников организации (пункт 2 части первой статьи 81 настоящего Кодекса) увольняемому работнику выплачивается выходное пособие в размере среднего месячного заработка, а также за ним сохраняется средний месячный заработок на период трудоустройства, но не свыше двух месяцев со дня увольнения (с зачетом выходного пособия).

В исключительных случаях средний месячный заработок сохраняется за уволенным работником в течение третьего месяца со дня увольнения по решению органа службы занятости населения при условии, если в двухнедельный срок после увольнения работник обратился в этот орган и не был им трудоустроен.

Выходное пособие в размере двухнедельного среднего заработка выплачивается работнику при расторжении трудового договора в связи с:

отказом работника от перевода на другую работу, необходимого ему в соответствии с медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, либо отсутствием у работодателя соответствующей работы (пункт 8 части первой статьи 77 настоящего Кодекса);

призывом работника на военную службу или направлением его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу (пункт 1 части первой статьи 83 настоящего Кодекса);

восстановлением на работе работника, ранее выполнявшего эту работу (пункт 2 части первой статьи 83 настоящего Кодекса);

отказом работника от перевода на работу в другую местность вместе с работодателем (пункт 9 части первой статьи 77 настоящего Кодекса);

признанием работника полностью неспособным к трудовой деятельности в соответствии с медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации (пункт 5 части первой статьи 83 настоящего Кодекса);

отказом работника от продолжения работы в связи с изменением определенных сторонами условий трудового договора (пункт 7 части первой статьи 77 настоящего Кодекса).

Трудовым договором или коллективным договором могут предусматриваться другие случаи выплаты выходных пособий, а также устанавливаться повышенные размеры выходных пособий.