Может ли начальник штрафовать сотрудников за прогулы и дает ли он привилегии определенным сотрудникам - возможность обращения в Инспекцию труда?

Штрафы не законны. Можете написать в инспекцию труда

В соответствии с абз. 1 ч. 1 ст. 356 ТК РФ, федеральная инспекция труда осуществляет федеральный государственный надзор и контроль за соблюдением работодателями трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, посредством проверок, выдачи обязательных для исполнения предписаний об устранении нарушений, составления протоколов об административных правонарушениях в пределах полномочий, подготовки других материалов (документов) о привлечении виновных к ответственности в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.

Согласно абз. 6 ч. 1 ст. 357 ТК РФ, государственные инспекторы труда при осуществлении федерального государственного надзора за соблюдением трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, имеют право предъявлять работодателям и их представителям обязательные для исполнения предписания об устранении нарушений трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, о восстановлении нарушенных прав работников, привлечении виновных в указанных нарушениях к дисциплинарной ответственности или об отстранении их от должности в установленном порядке.

Частью 1 ст. 5.27 КоАП РФ установлена ответственность за нарушение трудового законодательства, которая предполагает наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, - от одной тысячи до пяти тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток; на юридических лиц - от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток

Штрафы незаконны в-принципе. Пишите жалобу в инспекцию труда