У нее был сын, который выписан из квартиры в 1990 году в связи с лишением свободы на два года.

23 июня 1995г. Постановлением Конституционного суда РФ было признано не соответствующим Конституции РФ снятие с регистрационного учёта по месту жительства в связи с осуждением и норма ст.60 ЖК РФ о возможности признания осуждённого в судебном порядке утратившим право на жилую площадь в связи с осуждением к лишению свободы.После этого ни признать такое лицо утратившим право на площадь(это было возможно только судебным решением), ни снять с регистрационного учёта по месту жительства такого гражданина невозможно, а до этого времени это производилось.Поскольку в Вашем примере судебного решения о признании утратившим право на площадь не было,то при приватизации(раз сын в ней не участвовал) должно было быть представлено в агентство по приватизации письменное заверенное согласие сына на приватизацию квартиры матерью без его участия.Если этого не было, то приватизация и последующий договор купли-продажи могут быть по иску сына признаны недействительными( по оспоримым сделкам срок исковой давности-1год, а по ничтожным-10лет с момента, когда сын узнал о нарушении его прав).Его права проживания могут быть восстановлены только при признании названных договоров недействительными или хотя бы договора купли-продажи с возвратом сторон в первоначальное положение, то есть Вам-деньги, а сыну с матерью-квартиру.Просто зарегистрироваться в квартире без Вашего согласия сын не сможет.