Должен ли руководитель и главный бухгалтер подписывать этот акт?

В соответствии с Положением "О Контрольно-ревизионном управлении Министерства финансов РФ в субъекте РФ", утвержденным постановлением Правительства РФ от 06.08.98 N 888, КРУ осуществляет последующий контроль за своевременным, целевым и рациональным использованием и сохранностью средств федерального бюджета, государственных внебюджетных фондов и других федеральных средств, проводит в пределах своей компетенции ревизии и тематические проверки поступления и расходования средств федерального бюджета, использования внебюджетных средств, доходов от имущества (в том числе от ценных бумаг), находящегося в федеральной собственности, а также вносят по результатам ревизий и проверок предложения о взыскании в соответствии с законодательством РФ с организаций бюджетных средств, израсходованных не по целевому назначению, и доходов от их использования.

Названным Положением КРУ не предоставлено право самостоятельного взыскания с проверенных организаций каких-либо сумм либо применения других принудительных мер.

Исходя из этого, следует подписать акт, сопроводив подписи словами "с актом не согласен" и добавить мотивированные возражения. При рассмотрении акта органами, имеющими право принимать решения, будут учтены и ваши замечания.