1000000 рублей не облагается при продаже с объекта или со всех продаж в течении года.

Ниже привожу закон, речь идет о суммах, полученных в налоговом периоде. Можете не пользоваться налоговым вычетом по комнате, а уменьшить налоговую базу на сумму расходов по приобретению, тогда однозначно не будете платить НДФЛ, поскольку налоговые органы любят трактовать законодательство не в интересах налогоплательщиков.

Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с

пунктом 2 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет

право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:

Положение подпункта 1 пункта 1 статьи 220 в соответствии с

которым при продаже имущества, находившегося в собственности

налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый

вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком

при продаже указанного имущества, во взаимосвязи с положениями

пункта 1 статьи 256 ГК Российской Федерации и пунктов 1 и 2 статьи

34 Семейного кодекса Российской Федерации - по своему

конституционно-правовому смыслу, не могут применяться без учета

предусмотренного гражданским и семейным законодательством

основания и момента возникновения права собственности на

соответствующее имущество налогоплательщика при определении

периода, в течение которого отчужденное налогоплательщиком

имущество находилось в его собственности (Определение

Конституционного Суда РФ от 02.11.2006 N 444-О).

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом

периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая

приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или

земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся

в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не

превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных

в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося

в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не

превышающих 125 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир,

комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых

домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе,

находившихся в собственности налогоплательщика три года и более,

а также при продаже иного имущества, находившегося в

собственности налогоплательщика три года и более, имущественный

налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной

налогоплательщиком при продаже указанного имущества.

(в ред. Федеральных законов от 20.08.2004 N 112-ФЗ, от 27.07.2006

N 144-ФЗ)

Федеральным законом от 24.07.2007 N 216-ФЗ в абзац второй

подпункта 1 пункта 1 статьи 220 внесены изменения, действие

которых распространяется на правоотношения, возникшие с 1 января

2007 года. См. текст абзаца второго с учетом указанных изменений.

Вместо использования права на получение имущественного

налогового вычета, предусмотренного настоящим подпунктом,

налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых

налогом доходов на сумму фактически произведенных им и

документально подтвержденных расходов, связанных с получением

этих доходов, за исключением реализации налогоплательщиком

принадлежащих ему ценных бумаг. При продаже доли (ее части) в

уставном капитале организации налогоплательщик также вправе

уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму

фактически произведенных им и документально подтвержденных

расходов, связанных с получением этих доходов.

(в ред. Федерального закона от 20.08.2004 N 112-ФЗ)