Помогите пожалуйста, что же все-таки будет правильнее?

Как видите, закон не содержит ограничений по применению УСНО для организаций, имеющих обособленные подразделения.

3. Не вправе применять упрощенную систему налогообложения:

1) организации, имеющие филиалы и (или) представительства;

2) банки;

3) страховщики;

4) негосударственные пенсионные фонды;

5) инвестиционные фонды;

6) профессиональные участники рынка ценных бумаг;

7) ломбарды;

8) организации и индивидуальные предприниматели, занимающиеся производством подакцизных товаров, а также добычей и реализацией полезных ископаемых, за исключением общераспространенных полезных ископаемых;

9) организации и индивидуальные предприниматели, занимающиеся игорным бизнесом;

10) нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также иные формы адвокатских образований;

(в ред. Федеральных законов от 21.07.2005 N 101-ФЗ, от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

11) организации, являющиеся участниками соглашений о разделе продукции;

(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)

12) утратил силу. - Федеральный закон от 07.07.2003 N 117-ФЗ;

13) организации и индивидуальные предприниматели, переведенные на систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог) в соответствии с главой 26.1 настоящего Кодекса;

14) организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов. Данное ограничение не распространяется на организации, уставный капитал которых полностью состоит из вкладов общественных организаций инвалидов, если среднесписочная численность инвалидов среди их работников составляет не менее 50 процентов, а их доля в фонде оплаты труда - не менее 25 процентов, на некоммерческие организации, в том числе организации потребительской кооперации, осуществляющие свою деятельность в соответствии с Законом Российской Федерации от 19 июня 1992 года N 3085-1 "О потребительской кооперации (потребительских обществах, их союзах) в Российской Федерации", а также хозяйственные общества, единственными учредителями которых являются потребительские общества и их союзы, осуществляющие свою деятельность в соответствии с указанным Законом;

(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)

15) организации и индивидуальные предприниматели, средняя численность работников которых за налоговый (отчетный) период, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек;

(в ред. Федерального закона от 29.06.2004 N 58-ФЗ)

16) организации, у которых остаточная стоимость основных средств и нематериальных активов, определяемая в соответствии с законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете, превышает 100 млн. рублей. В целях настоящего подпункта учитываются основные средства и нематериальные активы, которые подлежат амортизации и признаются амортизируемым имуществом в соответствии с главой 25 настоящего Кодекса;

(в ред. Федеральных законов от 31.12.2002 N 191-ФЗ, от 21.07.2005 N 101-ФЗ)

17) бюджетные учреждения;

(пп. 17 введен Федеральным законом от 21.07.2005 N 101-ФЗ)

18) иностранные организации.

(пп. 18 введен Федеральным законом от 21.07.2005 N 101-ФЗ, в ред. Федерального закона от 17.05.2007 N 85-ФЗ)