Какие филиалы будут проверяться, если сотрудник написал жалобу в трудовую инспекцию?

проверять будут тот в котором работает данный сотрудник и то как правило это происходит далеко не быстро, а последствия могут быть разными...

Если гражданин написал жалобу о нарушении своих прав в трудинспекцию, то может быть назначена внеплановая выездная проверка. По общему правилу трудинспекция уведомляет организацию о внеплановой выездной проверке не менее чем за 24 часа до ее начала любым доступным способом. Однако в случае если от работника поступило обращение о нарушении его трудовых прав или о фактах нарушений работодателем требований трудового законодательства, которые повлекли возникновение угрозы причинения вреда жизни и здоровью работников, уведомление работодателя о проверке не допускается. Невыплата зарплаты относится к нарушениям, представляющим угрозу здоровью граждан. Такая внеплановая проверка может быть проведена незамедлительно, без согласования с прокуратурой.

При визите инспектор обязан предъявить работодателю свое служебное удостоверение, а также приказ (распоряжение) о проведении проверки. В нем должны быть четко установлены предмет проверки и срок ее проведения.

Придя на внеплановую проверку, инспектор будет проверять изложенные в жалобе факты, так как эта проверка является целевой ( Методические рекомендации, утвержденные Приказом Роструда от 24.01.2011 N 14 и статья 360 ТК РФ).