Есть ли выход из этой ситуации или получится так, что я с дочкой буду прописан у себя, а жена - у своих родителей?

Антон, Вы согласно Правил регистрации вправе прописать и ребенка и супругу без учета размера жилой площади. Вам что-то не верно сказали.

Извлечение из Правил регистрации по месту жительства и месту пребывания:

Вселение граждан в жилые помещения государственного или

муниципального жилищного фонда осуществляется с согласия

наймодателя в соответствии с законодательством о норме жилой

площади на одного человека, кроме супруга и нетрудоспособных

родителей.

(абзац в ред. постановления Правительства Москвы и Правительства

МО от 28.11.2000 N 947-147/37)

Вселение несовершеннолетних детей осуществляется без

согласования с наймодателем и без учета нормы жилой площади.

(абзац введен постановлением Правительства Москвы и Правительства

МО от 28.11.2000 N 947-147/37)

Таким образом, если Вам отказывают - обращайтесь либо в паспортное управление г. Москвы, либо в суд, имея на руках письменный отказ в регистрации жены.

С другой стороны, с регистрацией жены Вы ухудшаете свои жил. условия, что не дает Вам возможности после этого 5 лет становиться на очередь по улучшению жилищных условий.

Для того, чтобы не было препятсивий с пропавшим родственником, его надо признать через суд безвестно отсутствующим. Для этого необходимо обратиться в ОВД с заявлением о его розыске и только через год, если розыск не принесет результатов, взять справку в ОВД и обратиться в суд.