Хотя такого основания для прекращения дела, оставления иска без рассмотрения, в статьях 126 и др. статьях АПК нет.

Нет здесь искового производства. Вопрос в том, что постановление одно, и если Вы не оспариваете правомерность выводов о сумме налогов, то оспаривание в части бесспорного взыскания тоже будет оспаривание административного акта, но только в части, то есть фактически Вам ничего менять не надо. И решение будет приниматься согласно норм АПК РФ.

" Статья 201. Решение арбитражного суда по делу об оспаривании ненормативных правовых актов, решений и действий (бездействия) государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц

1. Решение по делу об оспаривании ненормативных правовых актов, решений и действий (бездействия) государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц принимается арбитражным судом по правилам, установленным в главе 20 настоящего Кодекса.

2. Арбитражный суд, установив, что оспариваемый ненормативный правовой акт, решение и действия (бездействие) государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц не соответствуют закону или иному нормативному правовому акту и нарушают права и законные интересы заявителя в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, принимает решение о признании ненормативного правового акта недействительным, решений и действий (бездействия) незаконными.

3. В случае, если арбитражный суд установит, что оспариваемый ненормативный правовой акт, решения и действия (бездействие) государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц соответствуют закону или иному нормативному правовому акту и не нарушают права и законные интересы заявителя, суд принимает решение об отказе в удовлетворении заявленного требования.

4. В резолютивной части решения по делу об оспаривании ненормативных правовых актов, решений государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц должны содержаться:

1) наименование органа или лица, принявших оспариваемый акт, решение; название, номер, дата принятия оспариваемого акта, решения;

2) название закона или иного нормативного правового акта, на соответствие которому проверены оспариваемый акт, решение;

3) указание на признание оспариваемого акта недействительным или решения незаконным полностью или в части и обязанность устранить допущенные нарушения прав и законных интересов заявителя либо на отказ в удовлетворении требования заявителя полностью или в части".