Не совпадает сумма в договоре купли-продажи и на счете материнского капитала - нужно ли проводить сделку заново?

Такая ситуация, помогите мне разобраться, пожалуйста...

Купили квартиру за материнский капитал, ровно за ту сумму, которая была указана в сертификате. Но в течение того времени, пока документы по сделке купли-продажи квартиры проходили государственную регистрацию, со счёта (с материнского капитала) снялись 20.000 (я подавала на получение этих денег). Естественно сумма материнского капитала уменьшается на 20.000. Документы купли-продажи пришли, всё сделка совершена. Но когда я пошла в пенсионный фонд, чтобы сдать документы для того, чтобы продавцы квартиры получили свои деньги за сделку - пенсионный фонд отказал в принятии документов, т. к. сумма на моём счёте и сумма в договоре купли-продажи не совпадают! В пенсионном сказали составить дополнительное соглашение о том, что изменилась сумма. Хорошо, я составила дополнительное соглашение... Снова сдали все документы в регистрационную палату для того, чтобы дополнительное соглашение прошло государственную регистрацию. Прошло 10 дней, дополнительное соглашение пришло, но почему-то без какой-либо на нём отметки о том, что документ прошёл гос. регистрацию. Странно... Пошла снова в пенсионный фонд, но там снова отказали в принятии документов, т. к. им нужно, чтобы пришло новое свидетельство на собственность... И ВОТ ВОПРОС: действительно-ли нужно занаво проводить всю сделку купли-продажи или я права в том, что сдала на регистрацию только доп. соглашение. В свидетельстве о государственной регистрации собственности ведь ничего не меняется...