Сложности увольнения сотрудника, выходящего из декрета и замещающего должность инженера-конструктора

Какие сложности могут возникнуть при увольнении сотрудника, выходящего из декрета? Подробнее: Сотрудника предполагалось взять на время замещения другого, находящегося в декрете. Однако, получилось так, что взят был на постоянную работу по ошибке отдела кадров. Естественно, испытательный срок 3 мес. прошёл, но, несмотря на отсутствие у сотрудника должной квалификации, было принято решение дать ему шанс реализовать себя за более долгий период (пояснение: работа инженер-конструктор, в реальности 3 месяца испытаний (по ТК РФ) не достаточно, чтобы проявить себя. Так как в то время, когда это произошло была напряженность с кадрами.). Работодатель решил оплатить обучение по специальности. По прошествию года, стало понятно, что видимость желания работать есть, но уровень квалификации не растёт (точнее, как отсутствовал, так и отсутствует), несмотря и на помощь других сотрудников коллектива. Разговор на увольнение по статья 81 часть 1 п.3 проводить не стали, т.к. решили не расстраивать в её положении на тот момент, что уже и не имело смысла (ст. 261). В настоящее время коллектив вырос, набрали квалифицированный персонал. Штат, в т.ч. с сотрудником, который выйдет, укомплектован, но хотелось бы сделать более сильный конструкторский отдел, заменить и последнего.