Квартира была в собственности менее 3 х лет)

Правильно. Если Вы приобретали жилье, то вместо вычета 1 мдн. руб. можете предъявить к вычету сумму, уплаченную при приобретении жилья, возможно, она будет больше 1 млн. руб., что снизит размер налога НДФЛ.

Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:

(в ред. Федерального закона от 24.07.2007 N 216-ФЗ)

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих 125 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.

(в ред. Федеральных законов от 20.08.2004 N 112-ФЗ, от 27.07.2006 N 144-ФЗ)

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного настоящим подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов, за исключением реализации налогоплательщиком принадлежащих ему ценных бумаг. При продаже доли (ее части) в уставном капитале организации, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством) налогоплательщик также вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.

(в ред. Федеральных законов от 20.08.2004 N 112-ФЗ, от 24.07.2007 N 216-ФЗ)

При реализации имущества, находящегося в общей долевой либо общей совместной собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с настоящим подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находящегося в общей совместной собственности).

Да, правильно. А что Вас смущает?