Муж бывший воин афганец-берётся ли подоходный налог с его зарплаты?

Конечно взимается.

Только ему положен ежемесячный вычет.

Статья 218. Стандартные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих стандартных налоговых вычетов:

2) налоговый вычет в размере 500 рублей за каждый месяц налогового периода распространяется на следующие категории налогоплательщиков:

граждан, уволенных с военной службы или призывавшихся на военные сборы, выполнявших интернациональный долг в Республике Афганистан и других странах, в которых велись боевые действия, а также граждан, принимавших участие в соответствии с решениями органов государственной власти Российской Федерации в боевых действиях на территории Российской Федерации;