Может ли моя супруга претендовать на восстановление своей временной прописки?

Согласно ст.17 Семейного кодекса РФ муж не имеет права без согласия жены возбуждать дело о расторжении брака во время беременности жены и в течение года после рождения ребенка. Это закон и от этого никуда не деться. Даже если ребенок, по Вашему мнению, не Ваш.

Что касается регистрации по месту жительства, то, действительно, Ваша супруга имеет возможность обратиться в суд с иском о признании своего права пользования квартирой на том основании, что более 2 лет проживала в ней. Вы добровольно своими действиями вселили свою супругу в квартиру. Ст. 292 Гражданского кодекса устанавливает, что члены семьи собственника, проживающие в принадлежащем ему жилом помещении, имеют право пользования этим помещением на условиях, предусмотренных жилищным законодательством. В соответствии со ст. 127 Жилищного кодекса РСФСР право пользования помещением сохраняется за этими лицами и в случае прекращения семейных отношений с собственником жилого дома, квартиры. С уважением,

Если нет согласия - расторжение брака только в суде. Но Вы не вправе инициировать расторжение брака в суде. если супруга беременна. Кроме того, ребенок родившийся в браке. а также в тчение 300 дней после расторжения автоматичеески считается вашим ребеноком, если только вы не оспорите отцовство в судебном порядке.

Так что трудности только начинаются, к сожалению.