На какую часть 3-х комнатной квартиры своего отца может претендовать наш сын?

Когда куплены квартиры относительно даты рождения ребенка - не имеет значение. Имеет значение куплены ли квартиры в период зарегистрированного брака и на какие средства.

По закону, имущество приобретенное в браке делится по 1/2. Соответственно при стандартном разделе в наследственную массу от первой квартиры попадает 1/2 и от второй 1/2. И каждая из этих половин распределяется между наследниками первой очереди: законной супругой, детьми.

Но в вашем случае, так как фактически он жил с вами возможно говорить, что одна квартира была приобретена не на совместные деньги с законной супругой, так как совместное хоз-во они не вели, также в свою очередь видимо его законная жена будет доказывать, что квартиры, купленная на ее имя не имеет к супругу никакого отношения.

Но это все решается в суде, если возникнет спор.

Главное понять чего вы хотите, если бесспорно то как описано выше. Если же хотите увеличить, к примеру, долю ребенка в квартире, купленной на его имя, доказав, что совместных денег там нет, и что половина в этой квартире не принадлежит его законной жене - то в суд.

Ваш сын имеет право не только на квартиру своего отца, но и на квартиру его жены, если она была приобретена по возмездной сделке (если она не докажет иное в суде). Размер долей сообщить не могу, так как Вы не указали когда и на каком основании Ваш гражданскому мужу оформил 3-х комнатную квартиру и живы ли у него родители.