Как правильно отразить НДС (18%) в счетах и счет-фактурах муниципальному Заказчику и необходимость заключения дополнительного соглашения без изменения цены контракта и объемов

Нашей организацией в 2015 г. был заключен муниципальный контракт на основании проведенного аукциона в соответствии с Федеральным законом от 05.04.2013 г. №44-ФЗ. Настоящий контракт изначально Заказчиком был выставлен на электронной площадке с локальным сметным расчетом с учетом НДС (18%) в соответствии с Федеральным законом от 05.04.2013 г. №44-ФЗ. Наше предприятие было единственным участником аукциона, в результате чего цена контракта не изменилась (не уменьшилась). Заключенный контракт, согласно Федерального закона от 05.04.2013 г. №44-ФЗ имеет твердую цену и фиксированные объемы. В 2015 г. наша организация находилась на УСН, соответственно контракт был подписан без учета НДС (18%) (первоначальный локальный сметный расчет с учетом НДС (18%) был переделан на локальный сметный расчет с учетом УСН без изменения первоначальной цены и объемов контракта). В 2016 г. ООО перешло на ОСНО. Нами было отправлено уведомление нашему Заказчику о смене налогового режима и о необходимости начислять НДС (18%), а также дополнительное соглашение о включении НДС (18%) в сумму контракта без изменения первоначальной цены и объемов контракта. Обращаю Ваше внимание, что в направленном на подписание дополнительном соглашении мы вернулись к изначальному локальному сметному расчету с учетом НДС без изменения цены контракта и объема работ.

В соответствии с контрактом ООО принимает на себя обязательства выполнять работы ежемесячно, согласно техническому заданию (приложение к контракту) а Заказчик в соответствии с этим же контрактом ежемесячно оплачивает оговоренные работы. Выполнив работы за январь 2016 г. по муниципальному контракту мы выставили Заказчику счет и счет-фактуру с учетом НДС (18%). Заказчик дополнительное соглашение не подписал, ссылаясь на отсутствие в 44-ФЗ разъяснения по правомерности включения НДС в сумму контракта и внесения изменений на площадку, счет и счет-фактуру к оплате не принял, ссылаясь на выделенный НДС (18%), не предусмотренный заключенным контрактом.

Прошу разъяснить, как правильно отразить НДС (18%) в выставленных счетах и счет-фактурах муниципальному Заказчику. Необходимо ли заключить с Заказчиком дополнительное соглашение без изменения цены контракта и объемов и имеем ли мы право выставить муниципальному заказчику счет и счет-фактуру без учета НДС.