Как рассчитать проценты по задолженности согласно 395 ГК РФ в данной ситуации с неоплаченными накладными?

Да, Антон, по каждой отдельно, если договором не предусмотрена оплата после всех поставок.

расчет производить с учетом отсрочки платежа( то есть с даты следующей за датой в которую покупатель должен был оплатить товар, согласно отсрочке по договору)

Да, со дня, следующего за сроком истечения отсрочки.

если договор был утерян, где указана отсрочка, то начислять проценты с момента получения должником претензии (уведомление о вручении), или (если он ее не получает) с момента поступления письма на почтовое отделение должника?

договор утерян продавцом или покупателем? в любом случае у покупателя может быть второй экземпляр.

в электронном виде у Вас тоже он не сохранился? Надо смотреть, что в договоре указано на сей счет.

Проценты начислять можно со дня, когда денежное обязательство должно было быть исполнено. Т.е. дата оплаты+20 дней, и со следующего дня можно начислять проценты.

Смотрите, Антон. Также возможна и ситуация следующая.

Вы подаете в суд, без учета отсрочки, проценты считаете.

Ответчик является в суд и говорит о наличии отсрочки.

А как он это докажет - только предъявлением договора.

с момента получения должником претензии (уведомление о вручении), или (если он ее не получает) с момента поступления письма на почтовое отделение должника? Можно ли так?

в таком случае -да, либо с момента получения, а если срок хранения на почте истекает, то с момента поступления письма в отделение.

Здравствуйте! Если Вы не предоставили суду договор,Вам сложно будет доказать, что у ответчика есть не исполненные обязательства перед истцом. Рекомендую истребовать у ответчика через суд надлежаще заверенную копию договора. Сама по себе претензия должна содержать реквизиты договора, иначе смысл претензии, если в нём нет ссылок на не исполненный договор.

Со следующего дня невыплаты начисляются проценты

Неверно, со дня отгрузки нельзя.

Если нет договора, то речь идет об одноразовых сделках купли-продажи (поставки) по каждой накладной. В этом случае оплата регулируется не условиями договора, а требованиями ГК.

Согласно ст.486 покупатель обязан оплатить товар непосредственно до или после передачи товар продавцом. Согласно ст.314 ГК в случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условия, позволяющие определить этот срок, а равно и в случаях, когда срок исполнения обязательства определен моментом востребования, обязательство должно быть исполнено в течение семи дней со дня предъявления кредитором требования о его исполнении.

В этом случае Вы можете использовать переписку между продавцом и покупателем по поводу оплаты, если таковая имела место быть, либо счета на оплату. Если Вы выставляли счета на оплату, то дата счета и есть дата выставления требования об оплате. Если счета не выставлялись, то требованием об оплате могут претензии, переписки и т.д. Исходя из этого и срока исполнения по ст.314 ГК считаете начало просрочки выполнения обязательства по оплате и период просрочки. Пени так же будут считаться с этой даты.