Оплата проведения отпуска в двух местах - правомерно ли это в случае задержки на северном проезде Хабаровск-Владивосток?

Увы, но это требование законодательства.

Есть разъяснения по данному вопросу в письмах Казначейства РФ от 10.11.2009 № 42-8.2-07/62-1965 и Минздравсоцразвития России от 20.02.2009 № 194-13.

..."По пункту 9 Правил. В случае если работник при следовании к месту использования отпуска или возвращении из отпуска делает остановку (например, в целях пересадки, в виду болезни или иных непредвиденных обстоятельств), сколько дней может составлять данная остановка?

Следует отметить, что Правила и действующее законодательство (Трудовой кодекс Российской Федерации и иные нормативные правовые акты) не содержит положений в части ограничения периода нахождения работника в пункте остановки по пути следования от места использования отпуска к постоянному месту жительства.

В связи с этим в каждом конкретном случае вопрос о том, проводил ли работник свой очередной отпуск в нескольких местах или следовал через пункты остановки проездом, решается администрацией организации на основании объяснительной записки работника и предоставленных проездных документов"....

Как правило, судебная практика исходит из того, что один день пересадки-не есть проведение отпуска в двух местах. Но это только в том случае, если это действительно была необходимая пересадка (нет прямого поезда).

Откажут-попробуйте обжаловать отказ в районный суд (срок обращения 3 месяца).