Новая схема движения общественного транспорта вызывает недоумение и неудовлетворенность у пассажиров

В прокуратуру можете жалобу направить - пусть проверят законность уменьшения транспортных средств на маршруте

Статья 10. Рассмотрение и разрешение в органах прокуратуры заявлений, жалоб и иных обращений [Закон "О Прокуратуре РФ"] [Статья 10] 1. В органах прокуратуры в соответствии с их полномочиями разрешаются заявления, жалобы и иные обращения, содержащие сведения о нарушении законов. Решение, принятое прокурором, не препятствует обращению лица за защитой своих прав в суд. Решение по жалобе на приговор, решение, определение и постановление суда может быть обжаловано только вышестоящему прокурору. В случае, если в деяниях должностных лиц, допустивших нарушения законов, содержится состав преступления или административного правонарушения, в зависимости от характера нарушения закона прокурор выносит мотивированное постановление о возбуждении уголовного дела или постановление о возбуждении дела об административном правонарушении (ст. 25 Закона, ст. 37 УПК РФ, ст. ст. 25.11, 28.4 КоАП РФ).

в администрацию жалобу пишите.

Помогите пожалуйста, как можно это разрулить и куда нужно обратиться для этого.

И что именно Вы хотите разрулить? Пока вся система настроится, пройдет какое то время. Если будет хуже, чем было - пишите в прокуратуру жалобу. Будет много жалоб - пересмотрят организацию движения.