Требуется ли согласие второго участника ДТП для перепоручения экспертизы?

Нет. закон не требует согласия участников ДТП на производство экспертизы в том или ином месте. Этот вопрос полностью решается на усмотрение дознавателя или иного лица, производящего расследование.

Написал заявление на имя начальника отдела МВД с просьбой перепоручить производство экспертизы ЭКЦ ГУ МВД. Дознаватель говорит,

подавайте жалобу.

Статья 125. Судебный порядок рассмотрения жалоб

1. Постановления органа дознания, дознавателя, следователя, руководителя следственного органа об отказе в возбуждении уголовного дела, о прекращении уголовного дела, а равно иные действия (бездействие) и решения дознавателя, начальника подразделения дознания, начальника органа дознания, органа дознания, следователя, руководителя следственного органа и прокурора, которые способны причинить ущерб конституционным правам и свободам участников уголовного судопроизводства либо затруднить доступ граждан к правосудию, могут быть обжалованы в районный суд по месту совершения деяния, содержащего признаки преступления. Если место производства предварительного расследования определено в соответствии с частями второй - шестой статьи 152 настоящего Кодекса, жалобы на действия (бездействие) и решения указанных лиц рассматриваются районным судом по месту нахождения органа, в производстве которого находится уголовное дело.

2. Жалоба может быть подана в суд заявителем, его защитником, законным представителем или представителем непосредственно либо через дознавателя, начальника подразделения дознания, начальника органа дознания, орган дознания, следователя, руководителя следственного органа или прокурора.