Каким образом будут удерживаться алименты с должника, не имеющего доходов - исходя из МРОТ или Прожиточного минимума?

Со среднего заработка по стране рассчитают. Вам уже указывали норму закона. Статья 113 семейного кодекса, найдите и прочитайте.

Семейный кодекс Российской Федерации. Статья 113. Определение задолженности по алиментам

1. Взыскание алиментов за прошедший период на основании соглашения об уплате алиментов или на основании исполнительного листа производится в пределах трехлетнего срока, предшествовавшего предъявлению исполнительного листа или нотариально удостоверенного соглашения об уплате алиментов к взысканию.

2. В тех случаях, когда удержание алиментов на основании исполнительного листа или на основании нотариально удостоверенного соглашения об уплате алиментов не производилось по вине лица, обязанного уплачивать алименты, взыскание алиментов производится за весь период независимо от установленного пунктом 2 статьи 107 настоящего Кодекса трехлетнего срока.

3. Размер задолженности определяется судебным исполнителем исходя из размера алиментов, определенного решением суда или соглашением об уплате алиментов.

4. Размер задолженности по алиментам, уплачиваемым на несовершеннолетних детей в соответствии со статьей 81 настоящего Кодекса, определяется исходя из заработка и иного дохода лица, обязанного уплачивать алименты, за период, в течение которого взыскание алиментов не производилось. В случаях, если лицо, обязанное уплачивать алименты, в этот период не работало или если не будут представлены документы, подтверждающие его заработок и (или) иной доход, задолженность по алиментам определяется исходя из размера средней заработной платы в Российской Федерации на момент взыскания задолженности. Если такое определение задолженности существенно нарушает интересы одной из сторон, сторона, интересы которой нарушены, вправе обратиться в суд, который может определить задолженность в твердой денежной сумме исходя из материального и семейного положения сторон и других заслуживающих внимания обстоятельств.

5. При несогласии с определением задолженности по алиментам судебным исполнителем любая из сторон может обжаловать действия судебного исполнителя в порядке, предусмотренном гражданским процессуальным законодательством.