Вопрос - Может ли сестра и ее муж получить материнский капитал за второго ребенка, если они уже получили квартиру по программе для сироты?

Право на получение материнского (семейного) капитала имеют:

женщина, имеющая гражданство Российской Федерации, родившая (усыновившая) второго, третьего ребенка или последующих детей начиная с 1 января 2007 года.

Капитал предоставляется не одному ребенку, а родителям, семье. Потратить его можно на нужды всей семьи или любого члена семьи. Нельзя взять МСК наличными. Материнский капитал можно потратить:

а погашение кредитов, либо ипотеки на строительство или приобретение жилья, недвижимости, квартиры (при этом варианте не нужно ждать три года); на строительство или приобретение жилья, недвижимости, квартиры за свои деньги (нужно ждать три года); Условие: недвижимость должна быть на территории РФ. Недвижимость должна быть жилой. На покупку дачи или загородного участка нельзя тратить. При этом покупать нужно равными долями на всю семью. Тратить на недвижимость можно даже если уже есть она в семье. Можно покупать долю или целиком у родственников. Можно также потратить на первый взнос по ипотеке. При чем раньше для этого нужно было ждать три года. С 9 сентября 2015 года потратить сертификат целиком или частично, на первый взнос по ипотеке можно не дожидаясь 3-летия второго ребенка. На обучение ребёнка (до достижения им 25 лет и учебное учреждение в РФ (только основное образование), можно также потратить на общежитие ребенку студенту и на коммунальные услуги) (нужно ждать три года); реабилитацию ребенка-инвалида. Повышение накопительной части трудовой пенсии матери (нужно ждать три года) и т.д.

Так что Вам удачи.

Вопрос может ли она получить материнский капитал за второго ребенка или нет?

да, сможет, это не зависит что у них уже есть квартира, хоть пять.

Если оба ребенка родились после 1 января 2007 года. То конечно имеют право получить материнский капитал и никаких проблем не вижу.