Отказ от написания объяснительной и дополнительные выплаты - проблемы с работодателем

Мой график работы 1 день (18 часов за компьютером)/два выходных дня, в общей сложности 18/54 часов посменной работы. Заработная плата платится вовремя, но в договоре указано, что оклад составляет 7200 руб./мес и регулируемая премия в размере 95% от оклада.

Сегодня 09.02.2017 начальник подошёл с устной просьбой написать объяснительную на имя ген. директора за опоздание 02.01.2017 (на 1 ч 39 мин), 08.01.2017 (на 1 ч 43 мин) и 28.01.2017 (на 1 ч 20 мин) согласно графику, который ведёт фирма-такси и за это я понесу наказание в виде удержания 500 рублей с заработной платы. 02.01.2017 и 08.01.2017 я выполнял работу за сотрудника, находившегося в отпуске (при чём письменное согласие я не подписывал по выполнению работ за другого сотрудника), но чисто из человеческого принципа работу выполнял, грубо говоря я работал в течение 14 дней за другого сотрудника день через день (18 часов работаешь, 32 часа отдыхаешь) физически тяжело. К слову, за весь прошлый - 2016 год я не получал выплаты за выполненные работы по такому же принципу, т.е. в прошлом году я работал за других сотрудников день через день в общей сложности 2 раза по 14 дней. Начальник оплату этих дней гарантировал в устной форме в конце года, но данный вопрос решается только сейчас, хотя так делать нельзя, по факту - отработал, получи выплату, так что исход пока неизвестен. Плюс ко всему у нашей организации заключён договор с фирмой (такси) - занимающейся доставкой работников до места работы из дома и обратно после смены, т.к. добираться не на чем, за январь 2017 ~5 раз я ждал такси по 30-50 минут. Скажите, как дать начальнику понять, что не стоит взимать с меня эти 500 рублей. Они, конечно, роли много не играют, но тут дело принципа уже. За 28.01.2017 не могу ничего сказать, т.к. в стране был выходной (суббота) и ранее сотрудники могли себе позволить опоздать без контроля. Правомерны ли будут мои действия, если я откажусь писать объяснительную и как обосновать мои действия? Имеет ли право работодатель привлекать к работе без письменного соглашения? Имеет ли право работодатель требовать от меня в устной форме написания объяснительной?