Стоматологическая клиника обвиняется в изготовлении неподходящих протезов - возможное развитие судебного дела и вопросы для медицинской экспертизы

Судом поставлена в зависимость сумма возмещения морального вреда от суммы иска, иск небольшой, поэтому и сумма возмещения будет небольшая.

С чего Вы это взяли, если ещё решения нет? Вам так показалось, что "судом поставлена зависимость". Не зависит размер возмещения морального вреда (это требование неимущесивенного характера) от цены иска по требованию имущественного возмещения (стоимость протеза и услуги). Зависит моральное возмещение от характера физических и (или) нравственных страданий истца.

Какие вопросы будут стоять перед экспертами...

Очевидно, это должны быть вопросы о качестве протезов, об их пригодности для того или иного пациента. Суд будет ставить вопросы, но Вы вправе сформулировать и предложить собственные вар-ты вопросов.

...и если будет подтверждена вина изготавливающей организации, какой дальше вариант рассмотрения в суде?

Уже сейчас эту организацию нужно 3-м лицом привлечь. Заявить об этом ходатайство.

А если их вина найдёт подтверждение - включить в круг СОЛИДАРНЫХ ответчиков вместе с медицинской организацией.

Согласно положениям ст.151 Гражданского кодекса РФ:

При определении размеров компенсации морального вреда суд принимает во внимание степень вины нарушителя и иные заслуживающие внимания обстоятельства. Суд должен также учитывать степень физических и нравственных страданий, связанных с индивидуальными особенностями гражданина, которому причинен вред.

Сумма компенсации морального вреда зависит только от степени вины нарушителя, но никак не от суммы иска.