Необходима ли заполнять Декларацию 3 НДФЛ на вычет за платное лечение сына в случае наличия задолженности организации перед бюджетом по оплате НДФЛ?

1. Да - при таких обстоятельствах получить вычет можно (ведь вы не отвечаете за действия организации - налогового агента, если из вашей ЗП эти деньги удержаны)

2. Как получить вычет - читайте на моем сайте

Дело в том, что несмотря на то, что организация является налоговым агентом, налогоплательщиком налога на доходы физ. лиц все равно являетесь именно вы. При этом возможны две ситуации: когда организация удержала сумму налога из зарплаты, но не перечислила в бюджет и когда организация не удержала налог и не перечислила в бюджет. Соответственно, в первом случае налоговики вправе взыскать, в том числе, сумму недоимки и задолженности по налогу не будет, а во втором случае, налоговики взыщут только штраф и пени, поскольку уплата налога за счет средств налогового агента не допускется (п.9 ст. 226 НК РФ).Таким образом, в этом последнем случае, задолженность по налогу будет числится за вами. Таким образом, если налог не был удержан налоговым агентом налогоплательщик обязан подать декларацию и самостоятельно уплатить налог, если к этому времени он не получит налоговое уведомление об уплате. (пп.4 п.1, п 3, п. 4 ст. 228 НК РФ). При наличии задолженности вычет невозможен.

Из вашей зарплаты налог удержан. Вы имееет право получить вычет. То, что он не перечислен работодателем в бюджет лично для вас значения не имеет.