Могу ли я зарегистрировать ООО в Москве, а работать оно будет в другом регионе, на что можно ссылаться при проверке?

Можете. Не надо ссылаться.

С уважением

Здравствуйте.

Гражданский кодекс РФ.

Статья 54. Наименование и место нахождения юридического лица

2. Место нахождения юридического лица определяется местом его государственной регистрации. Государственная регистрация юридического лица осуществляется по месту нахождения его постоянно действующего исполнительного органа, а в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа - иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности.

(п. 2 в ред. Федерального закона от 21.03.2002 N 31-ФЗ)

Статья 55. Представительства и филиалы

1. Представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту.

2. Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.

3. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.

Руководители представительств и филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности.

Представительства и филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица.