Почему офицерам пересчитывают суммы с 2005 года, если я служу с 2003 года?

Так как офицеры относятся к обязательным участникам НИС и включаются в реестр без их желания (за исключением отдельных случаев). Вы же относитесь к добровольным участников, которые включаются в реестр по их рапорту и с даты его подачи.

Ст. 9 ФЗ "О накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих.

1. К участникам накопительно-ипотечной системы относятся следующие военнослужащие:

3) прапорщики и мичманы, общая продолжительность военной службы по контракту которых составит три года начиная с 1 января 2005 года, при этом указанные лица, которые заключили первые контракты о прохождении военной службы до 1 января 2005 года и общая продолжительность военной службы по контракту которых по состоянию на 1 января 2005 года составляла не более трех лет, могут стать участниками, изъявив такое желание;

2. Основанием для включения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в реестр участников является:

6) для прапорщиков и мичманов, заключивших первый контракт о прохождении военной службы до 1 января 2005 года, если общая продолжительность их военной службы по контракту по состоянию на 1 января 2005 года составляла не более трех лет и составит три года начиная с 1 января 2005 года, - в письменной форме обращение об их включении в реестр участников;

Т.е., если бы вы подали рапорт в 2006 году, когда общая продолжительность военной службы по контракту составила три года, то вас включили бы с той даты, но так как вы размышляли и решили подать только в 2016, то соответственно вас и включили, когда вы изъявили свое желание.

В вашем случае надо было не включаться в НИС, а признаваться нуждающимся по достижению общей продолжительности военной службы 20 лет и более нуждающимся в жилых помещениях и обеспечиваться жильем по основаниям, предусмотренным ст. 15 ФЗ "О статусе военнослужащих", т.е. в виде предоставления жилья или субсидии, исходя из состава семьи.

Последний вариант подходит, если вы и член вашей семьи не участвовали в приватизации, не имеете жилья в собственности и по договорам соц. найма.

Можете в судебном порядке исключиться из реестра участников НИС, так как добровольный выход из системы законом не предусмотрен.