Если в годовой имеются две двойки оставят на второй год.

Двойка - неудовлетворительная оценка. Следовательно, по тем предметам, по которым поставлены двойки, вы не аттестованы. Придётся повторить аттестацию, отучившись ещё годик либо, по меньшей мере, пересдать эти предметы осенью. Пусть родители пишут заявление на переаттестацию директору. Если не поможет - в РОНО.

Обучающиеся на ступени начального общего и основного общего образования, не освоившие программу учебного года и имеющие академическую задолженность по двум и более предметам, по усмотрению их родителей (законных представителей) оставляются на повторное обучение, переводятся в классы компенсирующего обучения с меньшим числом обучающихся на одного педагогического работника образовательного учреждения или продолжают обучение в форме семейного образования. Обучающиеся на указанных ступенях образования, имеющие по итогам учебного года академическую задолженность по одному предмету, переводятся в следующий класс условно. Ответственность за ликвидацию обучающимися академической задолженности в течение следующего учебного года возлагается на их родителей (законных представителей). Перевод обучающегося в следующий класс в любом случае производится по решению органа управления образовательным учреждением. Обучающиеся, не освоившие образовательную программу более чем по одному предмету предыдущего уровня, не допускаются к обучению на следующей ступени общего образования.