Как получить ВПД для проезда Владивосток-Симферополь через Хабаровск и Москву?

Нет. ВПД выписываются по кратчайшему пути. В Вашем случае Владивосток-Москва-Симферополь и обратно.

Приказ Министра обороны РФ от 6 июня 2001 г. N 200 "Об утверждении Руководства по оформлению, использованию, хранению и обращению с воинскими перевозочными документами в Вооруженных Силах Российской Федерации" (с изменениями и дополнениями)

3. К воинским перевозочным документам относятся:

Требование формы 1 - (приложение N 1 к настоящему Руководству) для оформления пассажирских билетов на проезд одиночно следующих военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей (близких родственников) и воинских команд железнодорожным, воздушным и водным транспортом.

Требования формы 1 выдаются на проезд в прямом беспересадочном сообщении, а при отсутствии беспересадочного сообщения - с наименьшим количеством пересадок в соответствии с указателями пассажирских маршрутов в кратчайшем сообщении, которые разрабатываются и рассылаются воинским частям начальниками службы военных сообщений военных округов, флотов. При отсутствии беспересадочного сообщения требования формы 1 выдаются на каждый участок пути.

Требования формы 1 могут выдаваться для проезда к месту использования отпуска и обратно по маршруту, отличающемуся от кратчайшего. При этом разница в стоимости проезда оплачивается военнослужащими и членами их семей в кассу воинской части как восстановление кассового расхода с последующим перечислением денежных средств распорядителю бюджетных средств, который в централизованном порядке производит расчеты с транспортными организациями.