Проблемы с правом собственности на артезианскую скважину после перехода в РФ - что делать?

Добрый день! В собственности нашей некоммерческой организации с 1984 года имеется артезианская скважина стоимостью по нынешним ценам около 8 млн. рублей. В Украине скважина эксплуатировалась на основании Разрешения на спецводопользование, которое выдавалось каждые 5 лет. В Украине собственность на артскважину оформить было проблемно. Перешли под юрисдикцию РФ.В прошлом году получили Лицензию на пользование недрами для обеспечения водой объектов сельхозназначения (так после перехода в Россию стали называться у нас садоводческие товарищества). После 3-х лет борьбы с Департаментом имущественных и земельных отношений Севастополя получили наконец-то Распоряжение о наделении нашей организации правом постановки на кадастровый учёт и регистрации права собственности ГОРОДА СЕВАСТОПОЛЯ земельного участка под артскважину. Всё это очень странно, после 34 лет владения участком и эксплуатации артскажины мы должны типа добровольно поставить земельный участок под артскважину на кадастровый учёт и передать его в собственность ГОРОДА СЕВАСТОПОЛЯ. Но все работы по бурению артскважины и содержании её в исправном состоянии в течении 34 лет осуществлялось за счёт членских взносов членов нашей организации и всё это стоит 8 млн. рублей. Теперь мы должны добровольно передать земельный участок вместе со скважиной ГОРОДУ СЕВАСТОПОЛЮ, а потом Департамент имущественных и земельных отношений соизволит разрешить нам Договор аренды участка на время действия Лицензии на пользование недрами. Кадастровый инженер сказал, что межевой план будет изготовлен как для обычного земельного участка, а насосную станцию (4 х 6 м) которая находится над артскважиной называет самовольным строительством. При том, что у нас есть ещё советское разрешение на строительство насосной станции и проект. Да,по российскому законодательству, если мы не зарегистрировали право собственности в ЕГРП, то право собственности не оформлено, но какое же это самовольное строительство. У меня была возможность задать вопрос начальнику отдела кадастрового учёта Севреестра, который ответил, что земельный участок будет поставлен на кадастровый учёт как обычный земельный участок без учёта того, что на нём находится арсткважина, которая принадлежит нашей некоммерческой организации. Подскажите, пожалуйста, как действовать в такой ситуации!